Los Bosques del Valle de Mena son un Lugar de Importancia Comunitaria (LIC) pertenecientes a la Red Natura 2000, en el Valle de Mena, España situado en el nordeste de la provincia en sus límites con Álava , Cantabria y Vizcaya .

El Parque Natural del Cañón del Río Lobos es un espacio natural protegido de la comunidad autónoma de Castilla y León, España. Aproximadamente un tercio de su superficie se ubica en la provincia de Burgos y dos tercios en la de Soria.

Las Hoces del Alto Ebro y Rudrón es un espacio natural protegido de la Comunidad de Castilla y León definido conforme al artículo 18 de La Ley 8/1991, de 10 de mayo, de Espacios Naturales.

La Yecla y los Sabinares del Arlanza es un espacio natural protegido de la comunidad autónoma de Castilla y León, España. Se ubica en la provincia de Burgos, muy cercano al Parque Natural del Cañón del Río Lobos. Tiene una superficie de 26.055 hectáreas y afecta a las comarcas de Arlanza y Sierra de la Demanda

Las Lagunas de Neila son un conjunto de lagos formados en unos circos glaciares rodeados de picos de unos 2000 metros de altura, al sur de la Sierra de Urbión, al norte de la provincia de Burgos (España), cercanas a la localidad de Neila con acceso desde Quintanar de la Sierra.

El Monumento Natural de Ojo Guareña constituye un complejo kárstico de importancia internacional, localizado en el municipio de Merindad de Sotoscueva, al norte de la provincia de Burgos, comarca de Merindades, España.

El parque natural de Montes Obarenes-San Zadornil se localiza en el nordeste de la provincia de Burgos, en el límite con la provincia de Álava. Declarado Parque Natural por LEY 10/2006, de 14 de octubre.

La Sierra de la Demanda es un espacio natural protegido y comarca perteneciente a la Cordillera Ibérica, en los límites de las provincias de Burgos, La Rioja y Soria.

El espacio natural de la Sierra de la Tesla-Valdivielso se encuentra situado al norte de la provincia de Burgos en las comarcas de Merindades y La Bureba, España.